- Modelo Autogenético: Este modelo defende que as células eucarióticas apareceram a partir de células procariontes, que desenvolveram organelos endomembranares a partir de invaginações existentes na membrana plasmática que terão sofrido especializações nas suas funções. A semelhança estrutural entre membranas celulares internas e externa é um dos argumentos a favor deste modelo. Quanto a argumentos contra, não esclarece a especialização das membranas invaginadas, nomeadamente as mitocôndrias e cloroplastos, uma vez que estes não têm DNA semelhante ao do núcleo.
- Modelo endossimbiótico: modelo proposto por Lynn Margulis, que diz que a célula terá resultado de uma associação entre organismos diferentes em que um deles vive no hospedeiro, e em que os dois organismos beneficiam da associação. Esta associação terá sido tão eficiente que passaram a constituir organismos estáveis. Os seres hospedeiros passaram a ser organelos, tendo o cloroplasto vindo da incorporação de um ser procarionte fotossintético, e as mitocôndrias de procariontes aeróbios e com grande capacidade respiratória. No entanto, este modelo não explica a existência de núcleo e de outros organelos celulares.
O modelo endossimbiótico é o mais aceite atualmente pela comunidade científica, devido a factos como os cloroplastos possuirem ribossomas com características semelhantes aos procariontes, ainda hoje se verificarem relações endossimbióticas entre seres na natureza, e o DNA, os ribossomas e as estruturas membranares das mitocôndrias e dos cloroplastos são estruturas muito semelhantes às dos seres procariontes.
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